Kecskés Mónika orgonaművész-tanári, zeneelmélet-tanári, csembaló művész-tanári, ének-zene tanári és egyházzenész diplomáit kitüntetéssel 1996-ban nyerte el a Budapesti Liszt Ferenc Zeneművészeti Egyetemen, és az Eötvös Lóránd Tudományegyetemen. Később közoktatási-vezető, és pedagógus -szakvizsga továbbképzési szakon végzett a Budapesti Műszaki Egyetem posztgraduális képzésén. A Zeneakadémia doktoriskolájának növendékeként doktori munkáját 2002-ben „summa cum laude” minősítéssel védte meg. Habilitációs előadását 2016-ban Olivier Messiaen Pünkösdi-miséjének szimbolikájáról tartotta.
Kiegészítő tanulmányokat folytatott a londoni Királyi Zeneakadémián Nicholas Danby és David Titterington vezetésével, valamint a bécsi Zeneművészeti Egyetemen MichaeleRadulescu-val és Gordon Murrayvel. Részt vett többek között Luigi FerdinandoTagliavini, Olivier Latry, Harald Vogel, Jacques van Oortmerssen mesterkurzusain. Liturgikus improvizációt tanult Malcolm Hilltől, és Karen de Pasteltől. 2012-ben Henk de Vries groningeni orgonaművésszel megalapította a Briosamente orgonaduót.
A szekszárdi Buxtehude-Bach Nemzetközi Orgonaverseny, valamint a 1999. évi Liszt Ferenc Nemzetközi Orgonaverseny döntőjébe jutott. 1998-ban a Győri Nemzetközi Orgonaverseny győztese, valamint az 1999-es 5. Lotharingiai Nemzetközi Orgonaverseny első helyezettje lett. 2011-ben egyedüli magyarként játszhatott az amsterdami Jan PietersszonSweelinck Nemzetközi Orgonaverseny döntőjében, amely Európa egyik legrangosabb régizenei versenye.
1995-ben Köztársasági Ösztöndíjban 2001-ben Fischer Annie ösztöndíjban részesült. Az Európa szerte koncertező művész nevéhez számos CD-felvétel, és közreműködés fűződik.
Érdeklődésének középpontjában aktív koncerttevékenysége, és egyházzenei szolgálata mellett zenepedagógiai kutatások állnak.
Tagja a Magyar Egyházzenei Társaságnak, a European Association for Music in Schools, a GesellschaftderOrgelfreunde szervezeteknek, valamint a Magyar Művészeti Akadémia Köztestületének.
Jelenleg a Belvárosi (Pesti) Ferences Templom egyházzenei igazgatója, a Belvárosi Ferences Kántorátus karnagya, valamint a győri Széchenyi Egyetem Művészeti Karának, és Apáczai Csere János Pedagógiai Karának adjunktusa. Emellett oktatói tevékenységet folytat a Győri Hittudományi Főiskola, és az Apor Vilmos Katolikus Főiskola kántor-szakán.